Уровень воды в водохранилище находится на отметке 313,1 метра при нормальном уровне в 315 метров. Общий среднесуточный расход станции равен 667 кубическим метрам воды. Этот объем проходит через гидроагрегаты. Через водосливную часть плотины сбросы не осуществляются.
В настоящий момент резервная емкость водохранилища позволяет аккумулировать значительный объем паводковых вод без открытия водосливной части плотины.
Режим работы Зейского водохранилища осуществляется в соответствии с указанием Федерального агентства водных ресурсов в лице Амурского бассейнового водного управления, суммарным средним расходом 700±50 кубических метров в секунду.
Как сообщает правительство Амурской области, выполняется полный комплекс необходимых мероприятий по контролю уровней притока и обеспечению нормального функционирования гидротехнического сооружения. В постоянном режиме осуществляется информационный обмен и взаимодействие органов власти, МЧС, Амурского бассейнового водного управления, Амурского гидрометцентра, управления эксплуатации Зейского водохранилища.
Всего с начала дождевого паводка 21 июля Зейская ГЭС задержала в своем водохранилище 4,948 кубических километров паводкового стока воды. Эта вода не прошла вниз по течению, а осталась в водохранилище, что позволило значительно сгладить негативные последствия паводка для населенных пунктов, находящихся ниже по течению.
В 2013 году с начала июля общий объем притока в Зейское водохранилище составил 22,7 кубических километра. Из них более 62 % (14,2 кубических километра) было удержано Зейской ГЭС. Для сравнения: среднегодовой сток Зеи в створе Зейской ГЭС составляет 24,5 кубических километра, то есть за время паводка 2013 года в Зейское водохранилище пришла почти годовая норма воды.